إن زيادة الميلاتونين تؤثر على فاعلية هرمونات أخرى فقد وجد أن زيادة الميلاتونين تقلل الرغبة الجنسية وتعوق الخصوبة، فزيادة الميلاتونين قد تزيد هرمون البرولاكتين الذي يقلل الرغبة الجنسية عند الرجال. يجب عدم تناول مكملات الميلاتونين إلا تحت إشراف طبي خصوصاً للحوامل والمرضعات والأطفال والأشخاص الذين يحاولون الإنجاب، والأشخاص ذوي الخلل الهرموني، والأشخاص الذين يتعاطون الهرمونات الأسترويديه، والأشخاص ذوي الحساسية الشديدة أو الاضطرابات المناعية مثل سرطان الخلايا اللمفاوية وسرطان الدم، والأشخاص المصابين بالاكتئاب أو الذين يتناولون مضادات الاكتئاب. ويجب عدم استخدام الميلاتونين إلا تحت إشراف مختصين